ユーザーのWeb利用者IDは、1ユーザーコードに対して各部署ごとに複数取得することはできますか？

できません。前提として、1ユーザーコード＝1法人＝1部署です。1部署内ではIDは999人まで取得できます。他部署（登録住所以外）でご利用いただく場合には、新しくユーザー登録をしていただく必要があります。